Program Studi Doktor (S3) Komunikasi Islam (KOMI) pertama kalinya berada di bawah naungan Pascasarjana IAIN Sumatera Utara sesuai dengan Surat Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Islam Nomor:Dj.I./613/2009. Selanjutnya terjadi perubahan Nomenklatur dari Program Studi Doktor (S3) Komunikasi Islam (KOMI) menjadi Program Studi Doktor (S3) Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) berdasarkan SK Nomor 4891 Tahun 2017. Kemudian kewenangan pengelolaan Prodi Komunikasi dan Penyiaran Islam pada Program Doktor atau S3 dialihkan kepada Fakultas Dakwah dan Komunikasi sejak tahun 2020. Hal ini didasarkan pada Keputusan Rektor UIN Sumatera Utara Medan Nomor 308 Tahun 2019 tentang Perubahan Keputusan Rektor Nomor 216 Tahun 2019 mengenai Pemindahan Kewenangan Pengelolaan Prodi Program Doktoral dan Doktor dari Pascasarjana ke Fakultas di lingkungan UIN Sumatera Utara Medan